内蒙古自治区社会科学院科研部门截至2017年5月，内蒙古社科院设有13个研究所，4个研究中心；还有应用研发科研实体蒙古语信息技术研发中心（MIT）和设在盟市、不占编的鄂尔多斯分院、呼伦贝尔分院、乌海市分院、通辽分院和兴安盟自然资源研究所
中国草原文化研究中心、中国社会科学院国情调研内蒙古基地、中国蒙古学学会和内蒙古草原文化研究基地设在该院
院研究所：历史（成吉思汗）研究所、蒙古语言文字研究所、文学研究所、哲学与宗教研究所、草原文化研究所、经济研究所、牧区发展研究所、社会学研究所、政治学与法学研究所、民族研究所、俄罗斯与蒙古国研究所、公共管理研究所、城市发展研究所 院研究中心：邓小平理论研究中心、蒙古学研究中心、“三少民族”研究中心、内蒙古舆情研究中心
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