浙江药科职业大学院系设置截至2022年6月，学校设有14个二级学院，开设职业本科专业16个，专科专业14个

 专业设置学院专业护理学院护理（四年制本科）药学院药学（四年制本科）药学（两年制本科）药学（专科）药物制剂技术（专科）药品质量与安全(药品质量检测)（专科）制药工程与生物技术学院、化妆品学院制药工程技术（四年制本科）制药工程技术（两年制本科）合成生物技术（四年制本科）合成生物技术（两年制本科）化妆品工程技术（四年制本科）制药设备应用技术（专科）化妆品经营与管理（专科）化妆品质量与安全（专科）化妆品技术（专科）药商学院、医药数字化技术学院药品质量管理（四年制本科）药品质量管理（两年制本科）药事服务与管理（四年制本科）企业数字化管理（四年制本科）应用英语（四年制本科）食品药品监督管理（专科）药品经营与管理（专科）药品质量与安全(药事管理)（专科）国际经济与贸易(健康产品)（专科）中药学院中药制药（四年制本科）中药制药（两年制本科）中药学（专科）食品学院、健康管理学院食品质量与安全（四年制本科）食品工程技术（四年制本科）食品营养与健康（四年制本科）食品检验检测技术（专科）食品智能加工技术（专科）医疗器械学院医疗器械工程技术（四年制本科）新材料与应用技术（四年制本科）康复辅助器具技术（四年制本科）医疗器械经营与服务（专科） 

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