中国食品发酵工业研究院创新单元据2017年8月研究院官网显示，研究院拥有6个国家级平台、1个国家级研究中心、1个工信部示范中心、1个北京市工程技术研究中心
国家级平台：研究院拥有国家食品质量监督检验中心、国家轻工业食品质量监督检测中心、全国食品与发酵工业信息中心、中国工业微生物菌种保藏管理中心、全国食品发酵标准化中心、国际培训中心 国家级研究中心：中德发酵酒品质与安全联合研究中心 工信部示范中心：食品生产企业质量安全检测技术示范中心 北京市工程技术研究中心：北京市蛋白功能肽工程技术研究开发中心
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