中国食品发酵工业研究院学科建设据2017年8月研究院官网显示，研究院拥有1个博士后工作站、1个一级学科硕士点、1个二级学科硕士点
学科点形成了工业微生物资源研究与利用、传统发酵食品微生物代谢及全生命周期控制技术的研究与应用、食品生物制造安全技术与质量科学标准化工程、现代生物技术在健康食品工程领域的应用及营养机制研究、功能食品及发酵食品的生物制备与健康应用评价五个学科方向
博士后工作站：企业博士后工作站 一级学科硕士点：轻工技术与工程 二级学科硕士点：发酵工程
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