昆明动物博物馆馆藏内容兽类标本库兽类标本库标本总数1.6万余号，馆藏标本采集范围主要以南方热带、亚热带动物种类为主，基本涵盖了中国西南地区所有陆生生态环境各种类型的标本，也有一些采自东北、西北、华中、华南等地区的种类

标本主要以假剥制标本、骨骼标本、浸泡标本、皮张标本等类型为主

 鸟类标本库鸟类标本库标本的采集范围主要以南方热带、亚热带动物种类为主，也有不少采自新疆、黑龙江、甘肃、西藏等地区的种类

现有馆藏鸟类标本近840种2万余号

馆藏标本中有众多国家一级重点鸟类保护野生动物，如：黑颈鹤、胡兀鹫、绿孔雀、白尾梢虹雉、灰孔雀雉等，有众多国家二级重点鸟类保护野生动物，如：高山兀鹫、红腹角雉、黑鹇、冠斑犀鸟、双角犀鸟、灰头绿鸠a、鹳嘴翡翠等

鸟类标本库还收藏有鸟巢标本、鸟卵标本、骨架标本

 两栖爬行类标本库两栖爬行类标本库现收藏了以西南地区为主的两栖爬行类标本4万余号，馆藏标本中有版纳鱼螈、哀牢髭蟾、绿春溪蟾、海龟、凹甲陆龟等云南特有或珍稀种类

 鱼类标本库鱼类标本库有约20万余号浸泡标本，标本主要为浸泡标本，也有骨骼标本和少量的干制标本

馆藏标本中不乏有达氏鲟、滇池金线鲃、大理裂腹鱼等国家保护级物种，也有像裸腹盲鲃、玫瑰高原鳅等非常珍稀的洞穴鱼类标本

标本库馆藏标本主要采自中国西南地区，也有采自西藏、青海、甘肃、黑龙江、辽宁等省区的标本，也有部分国外赠送或交换的标本

 昆虫标本库昆虫标本库始立足于云南面向西南和东南亚，经过几代科学家的多次大规模和无数次中、小规模的野外考察采集标本和不断积累，现保藏标本40万余号

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