中国医药工业研究总院科研部门根据2020年10月研究院官网显示，中国医药工业研究总院下设5家研发机构、4家国家级中心、1个国家级重点实验室以及3家工业企业
下属研发机构：上海医工院、总院张江分院、海门分院、武汉光谷分院、上海瀛科隆医药国家级中心：国家药物制剂工程研究中心， 国家上海新药安全评价研究中心，国家药品包装材料科研检测中心， 中国医药工业信息中心国家级重点实验室：国家创新药物与制药工业重点实验室 国家级技术服务平台：重大新药创制科技重大专项数据支撑平台省部级中心：上海呼吸系统药物工程技术研究中心、上海市生物技术药物PK-PD研究工程技术中心省部级重点实验室：上海市抗感染药物研究重点实验室省部级技术服务平台：上海市生物物质成药性评价专业技术服务平台、上海市药物制剂与工程化专业技术服务平台、上海市新药安全评价专业技术服务平台
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