中国农业科学院开拓发展1982年2月20日，收回特产研究所，上海家畜血吸虫病研究室升格为上海家畜血吸虫病研究所

1983年，新建中国水稻研究所

 1985年2月7日，文化部同意中国农业科学院成立中国农业科技出版社

8月19日，草原研究所实行以中国农业科学院为主，农牧渔业部和自治区双重领导体制，同时挂“内蒙古自治区草原研究所”的牌子

1986年，国家质量监督检验检疫总局和国家农业部依法授权，依托中国农业科学院饲料研究所成立国家饲料质量监督检验中心（北京）

4月25日，国家农牧渔业部批准，依托中国农业科学院哈尔滨兽医所组建兽医生物技术国家重点实验室

6月16日，农牧渔业部批准中国农业科学院成立生物技术研究中心

 1987年，情报所、院图书馆、农业科技出版社3个单位合并组建科技文献信息中心，蔬菜研究所更名为蔬菜花卉研究所

1988年，养蜂所更名为蜜蜂研究所

1989年10月9-11日，中国水稻研究所落成典礼在杭州富阳举行

上海血研所更名为上海家畜寄生虫病研究所

 1990年，中国农业科技出版社从文献中心分出独立建制

1991年11月，国家科技部批准，依托中国农业科学院建立国家昌平综合农业工程技术研究中心；成立中国农业科学院博士后流动站

 1992年，设立了农业宏观研究室

依托中国农业科学院植物保护研究所组建植物病虫害生物学国家重点实验室

1993年，成立了廊坊中试基地

 1995年11月21日，中国农业科学院机关调整后机构设置为八个职能部门，分别是：院办公室、科技管理局、人事局、国际合作与产业发展局、计划财务局、监察局、审计局、直属机关党委

1997年，农业部将其直属的南京农业机械化研究所、成都沼气研究所、天津环境保护科研监测所3个单位划归中国农业科学院领导

9月10日，中国农业科学院中兽医研究所与兰州畜牧研究所合并成立中国农业科学院兰州畜牧与兽药研究所

 1998年4月13日，国家农业部批复，依托中国农业科学院水稻研究所组建国家水稻改良中心，依托中国农业科学院作物科学所组建国家小麦改良中心

8月，国家农业部批复，依托中国农业科学院蔬菜花卉研究所组建国家蔬菜改良中心，依托中国农业科学院棉花研究所组建国家棉花改良中心，依托中国农业科学院甜菜研究所组建国家糖料改良中心

1999年，遗产室划转给南京农业大学管理，加挂“中国农业科学院遗产室”的牌子

同年，生物技术研究中心改名为生物技术研究所

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