香港医学博物馆机构设置单位性质香港医学博物馆是独立学术机构、亦是香港政府认可非牟利的慈善团体
经费来源香港医学博物馆主要依赖捐款作为基本营运经费，小部份来自入场及导赏收费
个别展览、教育活动及研究项目获得学术机构、医疗机构、商界或个人赞助、或政府部门及慈善基金拨款资助
机构设置香港医学博物馆由香港医学博物馆学会管理，学会会员选出董事局，再由董事互相遴选出任“行政委员会”，掌管常务决策，又因应分工，下设“管理委员会”、“教育及研究委员会”、“财务委员会”及“宣传及公共关系委员会”，领导博物馆办公室人员执行职务
人员编制、组成香港医学博物馆办公室现时常置职位包括助理馆长1名，行政秘书1名，行政主任1名，传讯及公共关系主任1名，其他人员4名：非常置职位有研究助理
服务观众项目香港医学博物馆已提供超过3000次的导赏服务予参观团体
设施有演讲室及专题展览厅，欢迎有兴趣人士租用作讲座、展览以及其他形式活动
观众接待自1996年开幕至2010年中，累计参观人数超过28万人次；每年平均参观人次超过2万
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