军事博物馆站整体布局站层布局军事博物馆站为地下四层车站；其中地下一层为1号线分离式站厅层，该站厅层分为东厅和西厅，其中东厅对应出入口B口及C口，西厅为1号线换乘9号线的换乘厅层；车站地下二层为1号线岛式站台层、1号线换乘9号线的换乘通道、9号线进站层，9号线进站层分为南进站层和北进站层，其中南进站层对应D口，北进站层对应A口；车站地下三层为9号线换乘1号线的换乘通道及9号线的分离式站厅层，9号线分离式站厅层分为南厅和北厅，分别对应南换乘通道和北换乘通道；车站地下四层为9号线岛式站台层
换乘走向军事博物馆站为北京地铁1号线和北京地铁9号线的换乘车站，两线采用“岛与岛T型布局、通道换乘“模式
其中，1号线换乘9号线的乘客需首先步行至1号线站台西端，通过车站西站厅，并选择任意南或北换乘通道进行换乘，行进至9号线进站层时需沿楼梯下至地下三层，最终可步行至9号线站厅层
9号线换乘1号线的乘客需由站台层上至南或北站厅层，并根据现场指示向东行进，最终可步行至1号线东站厅
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