水稻基因组计划完成图水稻基因组框架图和全长序列的精确测定虽已基本完成，但片段之间或重叠群之间仍存在一些缺口或空隙(gap），如籼、粳两个亚种的基因组工作框架图分别覆盖了水稻全基因组的95.29%和93%，碱基准确率约99%；第1染色体和第4染色体的全长序列之间也分别还有8个和7个缺口
由于无数重复序列，第1染色体390个PAC/BAC克隆中有4个克隆仍缺乏一致性，还属于测序的第1阶段；16个克隆属于第2阶段，370个克隆属于第3阶段
框架图仍需增加更大片段读序，构建更大跨度的重叠群（支架），填充这些顺序间隙（sequencegap）和物理间隙（physicalgap），结合现有的物理图，改善框架图
全长序列还可用荧光标记终止法、引物步查法和少核苷酸的PCR反应等方法填补缺口或纠正组装错误
最终，为世界上所有从事水稻以及其他禾谷类作物研究的生物学家和遗传学家提供一个高度准确并进行精细注释的水稻基因组完成图
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