南海深部计划科学目标通过重新测量南海洋壳磁异常、研究深海火山链，重新认识南海海底扩张及其前后的演变史；通过现代深海过程观测和深海沉积的分析，揭示南海底层流的变迁，验证海盆演化历史，以及对海平面变化的响应；通过海底水文观测与各项分析，认识南海深部的生物地球化学过程及其演变；并在上述研究基础上，探讨南海深海过程演变的资源与环境效应
该计划的实施，将为我国深海技术装备建设提供应用或试用的平台，促进我国深海科学研究队伍的壮大和成长
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