何燏时北大校长1913年秋天，教育部为减省经费，几次要停办北京大学，欲将之并入天津北洋大学，遭到何燏时及全校师生反对
何为此给大总统呈文，曰:“办理不善，可以改良；经费之虚糜，可以裁节；学生程度不齐一，可以力加整顿，而唯此一国立大学之机关，实不要遽行停止
”由于何燏时和全校师生的坚决反对与社会舆论的压力，当局准备裁并北大的企图被打消
然而由此他与教育总长发生龃龉，并不满袁世凯独裁，遂萌生退意，于1914年1月辞职
何燏时任职京师大学堂和出掌北大时，正值北大逐步走向正规大学的关键时期，学科的设置，校舍的兴建，经费的筹集，风纪的整顿，学制的改革，学校的保全，何皆与有力焉
他且又以校长之力，延揽许多人才到北大任教
据沈尹默回忆，马裕藻、沈兼士、钱玄同及他自己，皆由何延揽入北大
1932年伪满政府成立，其旧友郑孝胥、罗振玉欲罗致何出任伪教育部长，然为何所拒
同时，何对国民党“攘外必先安内”的政策亦表不满，虽然国民党要员中亦有不少同学故旧，时常邀其出来做事，但均为其婉拒
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