董作宾晚耕不辍民国三十七年(1948年),董作宾任中央研究院历史语言所研究员,并在同年当选为中央研究院第一届院士
同年底,董作宾随中央研究院和自己相伴多年而不忍心分开的大批文物迁往台湾,并提任台湾大学中国古文和历史教授
为台大中文系讲授古文学,为历史系讲授殷商史
到台湾后,董作宾曾任台湾大学文学院教授、历史语言所所长、香港大学东方文化研究院研究员等
1950年7月,中央研究院院长朱家骤创议创办学术界有影响的《大陆杂志》,董作宾任发行人(主持人)
同时担任《台湾大学文史哲学报》主编
1950年12月,董作宾在傅斯年去世后接替他任中央研究院历史语言研究所所长,兼任美国东方学会荣誉会员和台北故宫博物院等博物馆清点古物委员、常务理事
1951年后,董作宾先后编著出版了《西周年历谱》和《殷墟文字乙编》
1954年3月,台湾中国历史学会成立,60岁的董作宾当选为常务理事
1955年3月11日,61岁的董作宾的学术著作《殷商史研究》获台湾最高教育部门第一届学术奖
同年8月,董作宾辞去历史语言研究所所长,李济接任所长,董作宾任香港大学东方文化研究院研究员、崇基书院、新亚书院、珠海书院教授
1956年4月,62岁的董作宾被选为中央研究院评议会人文组第二届评议会员
1958年4月,64岁的董作宾聘任为中央研究院史语所甲骨文研究室主任
1960年,董作宾帮助台湾大学中文系古文字研究室负责编纂《中国文字》,兼任马来西亚大学校外考试委员、台湾孔孟学会监督事,该年发表《最近十年之甲骨学》
1961年,67岁的董作宾发表《续甲骨年表》,分纪年、记事、撰著,按时间的顺序记载了甲骨文的发现、发掘、流传和研究的情况
1962年,董作宾身体状况不佳,患有高血压、糖尿病、心绞痛、心肌梗塞等病
1963年3月20日,亲友、同仁和学生们如李孝定、严一萍等为他举行69岁华诞,不幸当夜心脏病复发,进台湾大学医院,此后卧病不起,昏迷不醒,11月23日在台北过世,享年69岁
葬于南港中央研究院高山之阳“南港学人山”(胡适公园)墓地,与胡适墓为邻
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