尚书省南北朝宋孝武帝孝建中，为防大臣威权过盛，遂省去录尚书之职，以后置废不常

又自魏晋以后，士族崇尚清谈，不屑过问琐碎的日常事务

西晋王衍自尚书仆射迁尚书令，身居宰辅，不以经国为念

梁朝谢 为司徒、尚书令，惮烦，职事多不览

又自东晋以后，高门子弟都以出身作尚书郎为耻辱

高门既不屑就，就者也多不办事

故自东晋以后，令、仆射及郎中多不奏事，当官成为挂名，于是，尚书台的日常事务多交给令史去处理

这样，令史就渐揽事权，尚书省内部有权力下移的趋势

由于令史实际作用的增大，梁武帝曾拟提高都令史人选，不用寒人而改用士族

但士族尚不乐为台郎，何况令史，所以此法不能推行

加之，南朝时中书舍人专任机密，尚书省的实际地位更为下降

北魏出自鲜卑族，本身有部落大人会议决事的制度，及魏道武帝拓跋珪破后燕，皇始元年（396年）始仿魏晋立尚书台，置三十六曹

但北魏前期的尚书台是鲜卑旧制与中原制度的糅合，与江南制度迥然不同

北魏尚书制度的正式建立，实际在太和改制以后

太和十五年（491年）魏孝文帝元宏改定官制，十七年，颁布第一个职员令，太和二十三年又颁布第二个职员令，尚书省及其它官职都依照魏晋制度，主要也是以尚书省总领庶政，而中书、门下二省分掌机权，门下之权尤重（见门下省）

东魏、北齐承袭北魏，而尚书之权较重

这是因为北齐文襄帝高澄、齐文宣帝高洋都曾在东魏朝担任过尚书令

北齐除在首都邺城置尚书省外，在晋阳也置尚书省，同样具有中央行政机构职权，这是因为晋阳是北齐下都，皇帝经常前往并在那里发号施令

西魏时，朝廷尚书省的组织情况不详

大行台的组织略同于尚书省，有仆射、尚书、丞、郎等职

周惠达、苏绰、卢辨都曾为行台尚书

到西魏末才实施摹仿《周官》的六官制，废除了尚书省

北周承之

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