杜如晦玄武政变李世民讨伐各地叛乱，威望越来越高，遭到李建成和李元吉的妒忌，二人与李渊的嫔妃张婕妤、尹德妃暗中勾结，图谋陷害李世民

淮安王李神通以战功获封土地数十倾，张婕妤的父亲私下里找李渊想要那片地，李渊答应他，但李神通以这块地已经先赐给了自己，于是不愿意给张婕妤的父亲，张婕妤却向李渊说是李世民仗势欺人，让李神通夺走了土地

而后杜如晦骑马经过尹德妃的父亲尹阿鼠的府邸，尹阿鼠让家童出来将杜如晦强行拽下马殴打，并且大骂道：“你是什么人，敢过我家门前不下马！”之后尹阿鼠却让尹德妃告诉李渊是李世民让杜如晦欺负尹阿鼠

李世民向李渊深刻辩解，但是李渊十分宠幸张、尹两人，不信李世民

武德四年（621年），李世民被封为天策上将，并建立文学馆，用杜如晦为从事中郎，为十八学士之首，李世民常常到文学馆与杜如晦等讨论经义，而且经常说到晚上

但太子李建成却对对此非常忌惮，他对齐王李元吉说：“秦王府中能让人担心的，只有房玄龄和杜如晦两人

”于是李建成上言李渊，将房玄龄与杜如晦逐出京师

武德九年（626年），李建成拉拢尉迟恭遭到拒绝，于是派人刺杀尉迟恭，失败后李建成上言李渊将尉迟恭打入大牢

李世民将尉迟恭保释出来后，尉迟恭打听到李建成和李元吉想要于昆明池对李世民不利，将此事告诉了长孙无忌，长孙无忌立刻去找李世民，让李世民先发制人，但李世民因自己与李建成是亲兄弟，所以犹豫不决，尉迟恭劝谏李世民不能以小仁而废社稷大义，并表示如果李世民不做决定，自己将和长孙无忌逃离，但李世民还是拿不定主意，尉迟恭又与侯君集日夜劝谏

这时李世民想起了房玄龄和杜如晦，于是派长孙无忌秘密将二人召回，但二人被李渊逐出京师，私自回京就是死罪

李世民于是取自己的佩刀交给尉迟恭，尉迟恭带房玄龄与杜如晦化妆成道士潜入秦王府

经过与房、杜二人的谋划之后，李世民终于下定决心，发动玄武门事变，将李建成和李元吉诛杀

事成之后，李世民被立为皇太子，杜如晦被任命为太子左庶子

十月，李世民论功行赏，拜杜如晦为兵部尚书，进封蔡国公，赐实封食邑一千三百户

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