杜淹归附唐朝武德二年（619年），杜淹成为王世充的太尉府官属
四月，王世充僭号称帝，建立郑国，任命杜淹为吏部尚书，对他非常信任
当时，杜淹因与侄子杜如晦不睦，便在王世充面前进谗，致使杜如晦的兄长杜某（名不详）被杀
杜如晦的弟弟杜楚客在郑国（为王世充建立）为官，也遭到囚禁
武德四年（621年），秦王李世民平定王世充
杜淹作为郑国高官，被定为死罪
杜如晦在李世民麾下效力，杜楚客便请他加以营救
杜如晦不允，杜楚客哭道：“叔父已经害死大哥，如今哥哥又不肯营救叔叔，我杜家要自相残杀，真是令人悲痛
”杜如晦感悟，向李世民求情，方免去杜淹的死罪
后来，杜淹因久不升职，欲投靠太子李建成，被负责选官的封德彝告知房玄龄
房玄龄担心李建成得到杜淹会对李世民造成威胁，便举荐杜淹为天策府兵曹参军、文学馆学士
武德七年（624年），庆州刺史杨文干起兵叛乱，李建成与李世民的矛盾加剧
唐高祖认为杜淹未能劝导李世民，致使其兄弟失和，将他和东宫属官王珪、韦挺一同流放巂州（今四川西昌）
李世民知道杜淹无罪，只是受到牵累而已，赠他黄金三百两
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