侯君集攻灭高昌贞观十三年（639年），高昌王麹文泰断绝西域与中原的商业往来，于是李世民征召麹文泰入朝，麹文泰称病不去，李世民任命侯君集为交河道行军大总管，契苾何力为葱山道副大总管，率领大军前往讨伐

麹文泰听到这个消息后对国人说：“唐朝距离高昌有七千余里，中间有沙漠两千里，冬冷夏热，没有水草，大军难以前行

若唐军强行军至高昌二十天内粮草必然吃完，那时候与唐军接战一定打败他们，所以没有什么好担心的

”然而侯君集率领大军行至碛口，麹文泰却已经病死，其子麹智盛继承王位

 贞观十四年（640年），侯君集等率兵行至柳谷，探马禀报说麹文泰将要安葬，高昌国人到时候聚集一处，可趁机袭击

但侯君集却认为趁其墓葬时偷袭不是问罪之师，而拒绝这么做

侯君集于是领大军敲着鼓前进，攻略高昌国的田地

高昌人据城坚守，侯君集劝降但没有成功

当初大军出发前，李世民征召山东擅长制作工程器械的工人全部随军

侯君集于是砍木填充城壕，用推车撞击矮墙，撞开的穴口有数丈之宽，又用抛车往城中砸石头，阻挡的敌人都被砸得碎烂，有的人披着毡子，用来遮挡落石，城上的守军都没有立足之地

于是唐军攻克城池，掳获男女七千余人

侯君集乘胜进兵，包围高昌国都城

 高昌新王麹智盛穷途末路，于是致书给侯君集说是先王对唐天子无礼，而自己刚刚继位没有什么过错，希望侯君集能手下留情

侯君集回书给麹智盛说如果是真心悔过，就在军门束手投降

但麹智盛还是没有出降

侯君集命士兵填平城壕，用抛车以攻城

又修建十丈高楼，俯视城内，落石砸中的地方或被砸中的行人，都大声高呼，城内的人都躲入室内了

当初，麹文泰与西突厥欲谷设约定，如果高昌被攻，则西突厥就来援助

等到西突厥听闻侯君集到了，欲谷设害怕向西逃走千余里，麹智盛失去援助，无计可施，开城投降

侯君集于是分兵平定高昌各地，高昌国灭亡

侯君集俘虏麹智盛及其百官，刻石纪功班师回朝

 侯君集灭高昌后，在未奏请李世民的情况将一些没有罪的人发配，又私自将高昌国宝物据为己有

手下将士们知道后也开始盗取金银珠宝，侯君集害怕自己做的丑事被揭发，于是不敢治将士们的罪

班师回朝后，司法官将侯君集下狱，但中书郎岑文本以为侯君集是功臣大将，不能轻加屈辱，于是上书李世民请求将侯君集释放

 而侯君集自以为立下大功却因为贪财而被囚禁，感到非常不快

 贞观十七年（643年），张亮被派往洛阳都督，侯君集问张亮：“怎么会遭到排挤？”张亮说：“如果因为公务在外做官就是遭到排挤，那么谁才是最冤枉的？”侯君集又说：“我平定一个国家，回朝后惹得皇上大怒，怎么不是排挤？”侯君集说着还挽起袖子说道：“这样子活不下去，你能造反吗，要是可以，我和你一起造反

” 张亮将侯君集的话告诉给了李世民，李世民对张亮说：“你和侯君集都是功臣

这些话侯君集只告诉给了你一个人，到时候他死不认账，你也拿他没办法

”于是李世民将这件暂且放下，对待侯君集还是和以前一样

而后李世民命阎立本画侯君集等二十四人的画像置于凌烟阁，侯君集位列第十七名

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