萧至忠担任宰相707年（景龙元年），太子李重俊发动兵变，诛杀武三思，但最终兵败被杀
宰相宗楚客趁机诬陷相王李旦也参与兵变，唐中宗便命萧至忠审理
萧至忠哭诉道：“此前，天后欲立相王为太子，相王数日不食，请求让于陛下，其德行天下皆知
如今陛下贵为天子，怎么容不下一个弟弟呢？而要信人谗言
”唐中宗这才作罢
不久，萧至忠担任中书侍郎、同中书门下平章事，成为宰相
709年（景龙三年），萧至忠升任侍中，监修国史，不久又改任中书令
当时，宰相宗楚客、纪处讷结党营私，韦巨源、杨再思、李峤只求自保，无所匡正
萧至忠起初坚守本职，受到时人的尊重，后来也依附于韦氏，将女儿嫁给韦皇后的表弟，甚至为死去的女儿与韦后的弟弟结冥婚
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