张鹏翮治黄十年康熙三十九年（1700年），张鹏翮出任河道总督，正值黄河泛滥，水患连年
上任前康熙帝指示张鹏翮“必须摧毁拦黄坝，清除芒稻河淤塞，开通黄河水道，依次兴修水利工程
” 张鹏翮上任后首先撤销了协理徐廷玺的职务和他以“监工”之名随身携带的仆从， 并且上书康熙帝：“部臣不应以查验为由，从中阻挠我主持河道工事的实施
” 经过进行的一系列职务调整，治理黄河形成了强有力的领导集体
康熙四十一年（1702年），康熙帝想利用治理永定河的经验，准备把徐州到清口建筑堤坝的原料用石料代替泥土
张鹏翮上书反对：“用石头建坝必修要求有坚实的地基，但是河水无常，变化没有规律可循，况且沙土松浮，建造石堤的话工序繁琐，而且一旦告成是否稳固也难以预料”
于是康熙帝放弃了这一想法
张鹏翮根据“改石为土”的建议在堤坝上种草，来抵御牵制洪水的到来，得到圣祖的肯定
张鹏翮钻研治河理论，总结前人经验，博考舆图，仔细勘察，提出“开海口，塞六坝”的治河主张和“借黄以济运，借淮以刷黄”的治河设想，采取“筑堤束水，借水攻沙”的作法
并按治河方案指挥数十万民工治河
在张鹏翮的任内康熙帝曾三次南巡指导治河（康熙帝先后南巡六次）
康熙帝十分倚重张鹏翮治河，称他得到了治理黄河的秘笈，对大学士说：“张鹏翮自从出任河道总督监督河工以来，每天都乘马巡视堤岸，不辞劳苦
如果天底下做官的都像张鹏翮一样兢兢业业，那百姓们还有什么非议呢？” 康熙四十二年（1703年）十月，山东泰安、沂州等地出现灾荒，康熙帝命令张鹏翮截留途经山东境内的漕粮两万石赈灾，而张鹏翮命令河员开常平仓二十八万石粮食分散赈灾，并上疏请奏补发山东治河官员的工资，此举受到康熙帝的训斥，指责他是置赈灾大局和国家财政困难于不顾收买人心、邀功请赏，并让他和王国昌二人将动用的粮谷“均摊赔补”
张鹏翮上书认错，圣祖不但原谅了他
而且还称赞他认真办事、廉洁奉公并且加太子太保衔
但张鹏翮此时也摊上了一大笔债务
康熙四十四年（1705）初，淮安道王谦弹劾山安同知佟世禄冒领治河工程款耽误了治理黄河的进度
张鹏翮下令将佟世禄撤职并且追讨贪污款项，佟世禄进京告御状
经查明佟世禄贪污一事，子虚乌有
当时圣祖命令徐潮详细调查此事
发现此事是王谦诬陷佟世禄，而张鹏翮听信一面之词处理了佟世禄
这件事使张鹏翮的威信受到了很大的影响，大臣纷纷要求惩办张鹏翮，但是康熙帝却宽恕了他
三月，康熙第五次南巡，视察高家堰堤工时，来到清口发现黄水倒灌，便质问张鹏翮，张鹏翮无言以对，并称不曾倒灌
康熙认为张鹏翮有巧饰用词、推卸责任、怠忽玩工之嫌，于是训斥道“此就是你们这些人毫不认错的问题
”并告诫他“眼前的治河工事并不是能一蹴而就的，一两年后才方见成效，你们还是尽力完善为好
”他希望张鹏翮“虽然河工即将大功告成，但他不能居功自傲，盲目乐观，还应当更到位地预防护理
” 五月，工部侍郎赵世芳疏议张鹏翮奏销钱粮浮冒13万余两，应交刑部治罪
康熙因对张鹏翮的清廉较为了解，十分宽宥，遂作出谕示： “供应治河人员的钱粮原本是不限数的，洪水凶猛的时候需要的就多，水位稳定的时候所需就少
你说的张鹏翮私吞的事必定不存在，是治河人员仗张鹏翮的势才有这样的说法，张鹏翮用人的能力不比他处理事情的强，他所用的人都担不了大事，所以才导致这样
” 康熙虽然相信张鹏翮的清廉，但对王谦、张弼等人的举荐和任用，十分不满，便训斥他：“你之所以被王谦那种小人所欺骗，是因为你用人听事过于刻薄，也流于表面，往往他人一有做错事的口实你就加以追责，因此会像冤枉佟世禄那样冤枉好人
古代的大儒要求自己如同光风霁月一般胸襟开阔，况且你身为大臣是为了国家大局，如果你就单单的追求表面上的廉洁而矫枉过正，对于事情的的处理怎么会有益呢？” 康熙帝继续巡视，渡河视察九里冈一带的工事时，发现张鹏翮指挥的工事十分严整，心里原本的不快也稍加舒缓，便赏赐张鹏翮御制的诗书扇
张鹏翮原本心存侥幸，但万没有料到同年七月，河水出现险情，黄、淮并涨，水势汹涌，古沟等多处堤岸漫缺
于是，张鹏翮再次遭遇了麻烦
康熙帝回京后，得到洪泽湖溃决的消息后，令九卿裁决
九卿经过决议得出“今年伏汛水涨都是由河道总督张鹏翮平日包庇手下玩忽职守、固执己见所导致”的结论，接着吏部拟制“河道总督张鹏翮对河工事务并不尽心筹划，导致堤岸冲决，实属失职，应当将其革职
”于是张鹏翮被免去了河道总督职务，然而，康熙帝毕竟深知张鹏翮的才干，并考虑其过去的廉能业绩，稍作思索，还是保留了张鹏翮的爵位，并让他继续留任，戴罪立功
康熙四十四年（1706年）十月，黄、淮河水大涨，治河工程遭到严重的破坏
康熙帝命令张鹏翮严加修治，堵塞决口，于是张鹏翮和漕运总督阿山决定疏浚河道，开鲍家营引河闸出张福口，这样可以减轻洪泽湖水突然猛涨对于高家堰的压力，使下游河道流速平稳，也就是“溜淮套”工事
工程修好后，张鹏翮和阿山、桑额奏请圣祖南巡视察
圣祖以“今即去仍然不能亲莅其地，则亦何事复往
” 批复他们
康熙帝对此时的秋汛和没有亲自视察过的下游工程十分担忧，便指示张鹏翮“加早预防秋汛，之后如果有河工急务上奏
” 这样更加激发了张鹏翮等人的干劲
鲍家营河闸工程客观上减轻了黄河水患，但这个工程带有一定的争宠献媚的味道，由于行事仓促，给工程地区的百姓造成了一定的伤害
康熙四十六年（1707年），在张鹏翮等人的恳请之下，康熙帝最后一次南巡视察
这次南巡康熙帝对张鹏翮（1705—1707年）治河成绩十分不满，”在视察张鹏翮提出的“溜淮套工程”时，康熙帝询问张鹏翮对开凿“溜淮套”的看法，而此时的张鹏翮，却已被免职，更何况“溜淮套”是两江总督阿山提议兴建，而他与阿山之间的矛盾又形同水火
因而，张鹏翮言不由衷地回答道：“圣上爱民如子，臣下应当不惜用百万帑金来拯救众生
” 康熙帝当即指责他说道：“你说的都是没有用的闲话，我所问的乃是关于河道事务的进程，与平时的官样文章不同
如果光是写点文字引用典故，当然可以敷衍成篇
要是说政事这样做可以，但是像治河这样的实务不是空话能够掩饰的
你应当将这河道应不应该开通一一明奏，为什么要用大话空话来糊弄我呢？”张鹏翮辩解道：“原是要我来奉皇上旨意阅视的，但觉得事关重大，所以由我和阿山、桑额一起陈奏，恭请皇上您亲自视察来定夺
” 康熙帝便指责张鹏翮：“你身为河道总督，对于河工事务漫不经心，现在又用溜淮套可以建造的理由河请我亲自视察，实际上是为了推卸责任，属实欺下瞒上
” 康熙帝还发现为了疏浚下河，张鹏翮等人不惜让百姓大规模迁移，导致多处地区和田产、坟冢被毁
康熙帝大怒，于是他把治理黄河的官员都叫到行宫外责骂，并训斥张鹏翮：“今天我一路上检查工事，看见地上标竿错杂，问你却什么都不知道，治理河道都是你独占尊位，怎么可以不留心这些地方呢？还有，张鹏翮你身为总河，已经到了要掘人骸骨的地步，你作为一个读书人却干下如此残忍之事，读圣贤书又是为了什么？”于是已经被削官的张鹏翮再度被削爵（太子太保）
但是康熙帝出于治河大局的需要和张鹏翮治河确实有功考虑，此事没有深究，张鹏翮还是得以留任，继续治河
从此张鹏翮更加行事谨慎，不敢半分懈怠
康熙四十七年（1708年），黄、淮终于出现大治局面，漕运通达，黄河下游连年大熟，人民安居乐业
张鹏翮得以官复原职，并免去他之前应该偿还的十万石粮食，不久他调任户部
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