福康安死后反复湘西山路崎岖，雾雨连绵，加之长途跋涉与紧张的战事，使水土不服的福康安罹患瘴病，但他仍硬撑着督兵作战
嘉庆元年（1796年）五月，福康安因积劳成疾在军营中病逝，年仅四十二岁
嘉庆帝闻讯，亲自写诗悼念；已成为太上皇的乾隆帝也作诗痛惜∶“自叹贤臣失，难禁悲泪收
深恩纵加赠，忠笃那能酬
” 随后，福康安被追封为嘉勇郡王，与其父傅恒共同配享太庙，并得到建立专祠的荣誉
十一月，福康安、和琳的灵柩被送回京师，乾隆帝亲临祭奠
福康安死后，其子富察·德麟袭贝勒爵
福康安生前仗势在军中大肆聚敛，挥霍无度
德麟更是在往军中迎回福康安灵柩时，向所经地方索要白银四万余两
嘉庆帝亲政以后，下诏予以痛斥，并勒令德麟拿出八万银两输入宫中
嘉庆十三年（1808年），又找借口将德麟由世袭贝勒降为贝子
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