孙嘉淦新帝重用雍正十三年（1735年）八月，雍正帝驾崩，新皇帝乾隆登基
九月，孙嘉淦担任吏部侍郎一职，十一月任都察院左都御史，仍兼任吏部侍郎
他再次上疏，专论君主“三习一弊”，直言告诫皇帝
乾隆帝见到他的奏折，对孙嘉淦十分赞赏，孙嘉淦因此升任刑部尚书
在刑部尚书任上，孙嘉淦能够做到秉公断案
河南郑州有疑狱冤案，皇帝曾派遣钦差前往查办，但结果不尽人意
乾隆皇帝命令孙嘉淦前往审理此案，孙嘉淦将涉案十余人的冤情全部审理清楚，还百姓公道
乾隆三年（1738年）四月，孙嘉淦升任吏部尚书，仍兼任刑部尚书
九月，直隶总督李卫弹劾总河朱藻贪赃误工，皇帝命孙嘉淦和尚书讷亲前往审理此案，查实后依法对朱藻加以惩处
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