沈仁芳科研项目主持多个国家级（包括973项目、创新群体项目课题、NSFC-JST重大国际合作项目、支撑计划课题、国家自然科学基金面上及“杰青”项目）和中科院（包括“百人计划”项目、国际合作伙伴计划项目课题、重要创新方向项目）等项目
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