国家国防科技工业局职能司局根据主要职能，国防科技工业局内设17个职能机构（司、局）：（一）办公室：组织协调机关的政务工作；负责国防科技工业局新闻宣传、出版工作的行政管理；组织起草重要综合性文件

（二）政策法规司：研究拟定国防科技工业发展和军转民的方针、政策；制定行政规章；指导军工行业的法制建设

（三）体制改革司：组织研究和实施国防科技工业体制改革；组织国防科技工业的结构、布局、能力调整工作

（四）综合计划司：组织编制行业发展规划和计划；安排相关投资项目

（五）经济协调司（民口配套办公室）：组织科研生产资格审查和许可；指导军转民科技开发和技术改造工作

（六）财务与审计司：编制各项费用的年度预算、决算；负责国有资产管理、财务监督

（七）科技与质量司：组织科研成果、专利的保护和推广；制定质量、计量标准和安全、技术规范并监督检查；组织质量保证体系认证

（八）系统工程一司（国家航天局）：组织实施航天工业军转民发展规划和重大民品项目；指导军工电子的行业管理

（九）系统工程二司（国家原子能机构、国家核事故应急办公室、核电办公室）：组织核电建设；组织实施核、兵器工业军转民发展规划和重大民品项目；承办国家核事故应急协调委员会的日常工作

（十）系统工程三司（船舶行业管理办公室）组织实施航空、船舶工业军转民发展规划和重大民品项目

（十一）安全生产监督管理局（民爆器材监督管理局）承担重点企事业单位安全生产的监督管理；负责民用爆破器材生产、流通的行业管理；负责民用爆破器材生产、经销的安全生产监督管理和产品质量的监督管理；负责民爆器材行政许可项目的审批

（十二）安全保密局组织管理国防科技工业保密工作，指导协调国防科技工业的国家安全、保卫工作

（十三）国际合作司组织管理对外交流与国际合作

（十四）人事教育司组织人才教育、培训和交流；归口管理社会团体

（十五）机关党委负责机关和在京直属单位的党群工作

（十六）离退休干部局负责机关离退休干部的管理工作；对直属单位和军工集团公司离退休干部工作进行指导

（十七）机关服务中心(机关服务局)负责国防科技工业局相关办公条件保障和后勤服务工作 

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