私立南通农科大学抗日战争胜利后1945年，抗日战争胜利，南通学院农、医、纺三科的师生准备迁回南通，并在南通学院本部成立了还校办事处，接管了已满目疮痍的校舍校具

是年，国立江苏医学院准备迁回镇江，私立南通学院报告要求在原址恢复医科，国民政府教育部很快予以批准，于是，远在重庆的原医科的师生们从重庆码头登船，一路顺流而下回到南通

1946年，医科正式恢复并招收新生

是年秋，由于校舍不够，只有纺工系两个班、染化系一个班与农科一年级回到南通上课，其余二、三、四年级学生只能仍然在上海临时校舍上课

1947年春，农科农艺系与纺科二年级学生相继迁回了南通唐闸上课，农科畜牧系与纺科三、 四年级学生，仍然留在上海上课

1948年，由于国共内战，南通局势不稳，除了新招的两个班，其余的学生再次迁到上海上课

1949年8月，南通、上海解放，农科与纺科几百人冒着酷暑，通过水、陆两路返回南通

9月，私立南通学院农科农业经济学系被并入了浙江大学

自1938年为了抗日战争迁出，一路颠沛流离，整整12年

据当年的纺科学生、张謇的嫡孙张绪武回忆，当满载着全校师生的大达号轮船驶过狼山、靠近南通港时，几乎每个人都是热泪盈眶

1952年，全国院系调整，根据《华东区高等学校院系调整方案》，私立南通学院被拆分、外迁

其中，农科独立并改名为苏北农学院，随后整体迁至扬州，1992年参与组建扬州大学，成为了扬州大学农学院

今公立南通大学至今未复建农科

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