中国科学院自然科学史研究所科研部门截至2020年8月，研究所设有中国古代科技史研究室、中国近现代科技史研究室、西方科技史研究室、中国科学院学部科学文化研究支撑中心、文化遗产科技认知研究中心、中外科技发展比较研究中心、科技与社会研究中心、科学传播研究中心、李约瑟著作翻译出版办公室等
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