北京市哲学会机构设置学会成立时，设有辩证唯物主义与历史唯物主义、中国哲学史、外国哲学史、逻辑学、自然辩证法、美学、伦理学等专业委员会
1963年自然辩证法专业委员会归北京市科学技术协会管理
逻辑学专业委员会在1979年学会恢复活动前独立成为市逻辑学会
伦理学专业委员会1983年分出独立成为市伦理学会
1983年学会新设立了马列主义哲学史专业委员会，1987年设立了马克思主义哲学原理专业委员会
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