中国植物病理学会机构设置本会最高权力机构是全国会员代表大会理事会，是全国会员代表大会的执行机构
在理事会休会期间，常务理事会负责行使理事会的职责，工作委员会协助理事会工作，委员会成员由理事会或常务理事会聘任，专业委员会为理事会领导下的学术组织，本会聘请植病界有名望，关心学会工作的专家、学者和有关领导为顾问指导学会工作，学会常设机构为植物病理学会秘书处，各省、自治区、直辖市植物病理学会为中国植物病理学会的团体会员单位，在业务和学术活动上接受中国植物病理学会的指导
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