中华日本学会组织刊物《日本学刊》部的前身是中国社会科学院日本研究所的《日本问题》部，成立于1985年
同年5月，中国社会科学院日本研究所创办了《日本问题》双月刊
1990年2月中华日本学会成立时决定改为学会会刊，并与中国社会科学院日本研究所联合主办，更名为《日本学刊》，于1991年1月出版发行
《日本问题》是以学术性为主，兼顾知识性，改为《日本学刊》后，进一步突出了其综合性和学术性，并强调它要为发展有中国特色的日本研究和建立中国的日本学发挥作用
《日本学刊》系全国中文核心期刊，中国社会科学院优秀期刊
主要刊登我国日本研究者关于日本诸学科的优秀研究成果，包括日本政治、经济、外交、军事、科技、社会文化、语言文学、历史、哲学等
设有专论、学术探讨、理论研究、比较研究、人物、书评、学术动态、中国学者看日本、访日札记、短评、学术论文摘要等栏目
它是日本研究者进行学术交流的园地，广大读者认识和了解日本的窗口
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