北京大学附属中学教学模式学校设立格物书院、致知书院、诚意书院、正心书院、明德书院、至善书院、新民书院、熙敬书院

书院的划分借鉴了欧美house制和中国古代书院制度

作为学生行政组织，书院的意义在于“学生自治”

书院开展各具特色的书院活动，形成多样的书院文化

书院色作为书院文化要素之一，格物书院、致知书院、诚意书院、正心书院、明德书院、至善书院、新民书院、熙敬书院依次分别为橙黄绿青蓝紫灰黑

红色作为北京大学基准色，不分至各书院

书院旗依据书院色制作

 书院制的演变2010年，北京大学附属中学高中部实行单元制，原有行政班由全新的跨年级学生社区实体——六个单元所取代

其中，一至四单元为常规单元；五单元为竞赛方向；六单元为自主出国方向；六个单元分别被赋予橙黄绿青蓝紫六种象征色

设立单元自治会，学生自主管理公共事务，如装修及管理活动室、策划及组织单元活动等

2012年，由国际部学生组成的七单元成立

2013年，单元制升格为书院制，七个书院分别命名为“格物”、“致知”、“诚意”、“正心”、“元培”、“博雅”、“道尔顿”

与此同时，确立书院议事会与公民教育课程

2014年，七个书院部分更名（元培书院更名为明德书院，博雅书院更名为至善书院，道尔顿书院更名为新民书院）

设立专职书院指导教师、继续营造书院归属、强化书院自治、传承书院文化

从2014至2015学年起，不再设置书院长，书院由学生自治会管理，由成长辅导处老师对其工作进行指导

  2016年，第八书院——熙敬书院成立

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