微生物工程应用发酵工程以其生产条件温和，原料来源丰富且价格低廉，产物专一，废弃物对环境污染小和容易处理等特点，而在医药工业、食品工业、农业、冶金工业、环境保护等许多领域得到了广泛的应用，逐步形成了规模庞大的发酵工业

在一些发达国家，发酵工业的总产值占到国民生产总值的5%左右

在医药工业上的应用发酵工程在医药工业上的应用，成效十分显著，生产出了如抗生素、维生素、动物激素、药用氨基酸、核苷酸（如肌苷）等

目前，常用的抗生素已达100多种，如青霉素类、头孢菌素类、红霉素类和四环素类

另应用发酵工程大量生产的基因工程药品有人生长激素、重组乙肝疫苗、某些种类的单克隆抗体、白细胞介素-2、抗血友病因子等

在食品工业上的应用发酵工程在食品工业上的应用十分广泛，主要包括：第一、生产传统的发酵产品，如啤酒、果酒、食醋等，使产品的质量和产量得到明显提高

第二、生产食品添加剂

如L-苹果酸、柠檬酸、谷氨酸、红曲素、高果糖浆等

第三、单细胞蛋白的生产

在农业上的应用微生物工程技术和产品为农业的发展提供了有利的支持，主要包括：生物农药（微生物杀虫剂、防治植物病害微生物）、生物除草剂、生物增产剂、食用菌

在轻工业上的应用由微生物生产出许多种可用于轻工业加工的酶，主要类型如下：糖酶：α-淀粉酶、半乳糖酶、纤维素酶类等蛋白酶：碱性蛋白酶（用于洗涤剂、胶片银的回收、啤酒去浊）、酸性蛋白酶 （用于饮料、食品的冷藏、制作蛋白水解酶）、中性蛋白酶果胶酶：水解果胶物质

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