蛋白质组研究技术局限的烦恼基因组的物质基础是DNA，它由两条螺旋状生物大分子链组成，其中每一条链都由成千上万的核苷酸连接而成，这些核苷酸仅含有四种类型的碱基

基因组研究的核心任务，就是要测定DNA链上四种碱基的排列顺序

因此，DNA测序技术是基因组研究中一个最基本和最主要的工具，这样一种单一的技术就能胜任基因组的研究工作

但是，在蛋白质组研究中，需要的研究技术远远不止一种，并且技术的难度也要大于基因组研究技术

首先，由于蛋白质是由20种化学性质各异的氨基酸所组成，因此不同蛋白质的物理化学性质差别很大

例如，有些蛋白质易溶于极性溶剂，有些蛋白质则难溶于极性溶剂；有些蛋白质较稳定，有些蛋白质则易降解

此外，蛋白质的各种修饰和相互作用更增加了蛋白质的复杂性

仅仅通过一两种技术，显然不可能完成对蛋白质组内成千上万种不同性质的蛋白质的检测

其次，不同种类的蛋白质的量在细胞内有着很大的差别

例如在酵母细胞里，有些细胞周期调控蛋白不到100个分子，而糖基酶则可能有200万个分子

据估计，蛋白质之间量的差别，竟可达106数量级

蛋白质组研究的特点是要同时分析各种各样的蛋白质，因此需要排除巨量的蛋白质类型的干扰，把微量的蛋白质类型从蛋白质混合物中鉴定出来

现有的蛋白质组研究技术，尚不能令人满意地完成这一任务

简而言之，蛋白质组研究对技术的依赖性和要求远远超过

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