比较生理学研究内容比较生理学的另一个重要方面是生物体与所处环境之间的关系（或生态生理学 ）
同样的物理设置可能给不同生物体造成截然不同的影响
例如，鱼在沙漠环境活得就远不如水中的栖息地好
相反，陆生蜥蜴在水中将无法生存
因此，生态生理学与其适应方面的研究能加强在比较生理学中对所有动物群体的理解
比较生理学的一个特定领域在最近受到更多关注：即系统比较方法的使用
科学家利用这些方法检查不同生物之间的潜在进化关系，并考证特定动物群体自初始以来经历的明显变化
研究人员还研究特定生物体之间的生理相似之处，或特定生物体如何发展成类似功能部分，如用于呼吸的肺或鱼鳃等
其结果是，研究有可能发现不同物种之间的共同祖先，并巩固进化联系
此外，检查化石和其它考古证据也有助于比较生理学家理解动物群体自古至今是如何变化和适应的
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