钦州市海洋局内设机构根据上述职责，市海洋局设4个内设机构

办公室负责文电、会务、机要、档案等机关日常运转工作；负责机关财务和资产管理；组织编制部门预决算，监督管理预算执行、各项经费使用；协助财政部门对海域使用金的使用进行监督；组织实施政府采购；承办机关及下属单位的人事管理和机构编制事项；拟订海洋人才队伍建设规划；承担教育培训和专业技术资格评审的相关工作

行政审批科负责海洋管理行政审批报件的受理、初审、送办、报批、发文（证）工作；负责海洋行政管理政务公开工作，负责窗口信息报送

审核并监督海底电缆和管道的铺设

海域和海岛管理科组织编制、修编并监督实施海洋功能区划、海岛保护规划、海岸保护与利用规划；承担海域使用项目的审核、海域使用权登记工作；承担海域使用动态监测、海域勘界、海籍调查和管理；承担海域使用金征收工作；承担海域使用和海岛使用的论证评估管理工作；参与用海项目现场勘察，承担海域和海岛使用权登记、统计工作；组织实施海岛生态保护，承担无居民海岛的开发、建设、保护与管理工作；承担海岛名称及其标志设置的有关工作；协调我市各部门、各行业的海洋资源开发利用

组织拟订并监督实施我市海洋事业发展、海洋经济发展、海洋主体功能区、海洋信息化等规划；承担海洋经济运行监测、统计、核算、评估及信息发布工作；承担行政执法监督、行政复议和行政应诉工作以及信访工作；拟订海洋科技发展规划，承担实施科技兴海的有关工作；组织开展海洋科学技术研究与应用；组织实施我市海洋基础和综合调查工作；承担科技平台和数字海洋建设；承担海洋科技成果、知识产权管理工作

海洋环境保护科组织开展海洋环境的调查、监测、监视与评价；监督陆源污染物排海；承担海洋工程建设项目、海洋倾废对海洋环境污染损害的防治工作；对新建、改建、扩建海岸和海洋工程项目的海洋环境影响报告书（表）进行审查审核；依法监督海洋工程环保设施的运行情况；监督海洋生物多样性和海洋生态环境保护，监督管理海洋自然保护区和特别保护区；组建我市海洋环境监测、监视网络；承担我市海洋观测、预报和评价的管理工作；组织编制并实施海洋灾害应急预案；编制我市海洋环境质量公报和海洋灾害公报

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