海洋原生动物种类原生动物种数繁多，数量巨大
已知有65000多种，现生种约占一半，其中多数为海洋种类
按传统观点，原生动物是一个门
1980年国际原生动物学家协会的分类和进化委员会将原生动物提为亚界，下分 7个门
有的学者还根据生物体内某些蛋白质的氨基酸成分，对一些原生动物进行分类
海洋原生动物的主要类群为有孔虫(Foraminifera)、放射虫(Radiolaria)、腰鞭毛虫(Dinoflagellata)、丁丁虫(Tintinnida)和硅质鞭毛虫(Silicoflagellata)
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