古生物地理学生态圈的划分由于地理的或生态的隔离，生物圈可以分为几个自然分区

如非海生栖息区和海生栖息区

非海生栖息区又可分为淡水栖息区和陆地栖息区，每一区又有多种划分

海生栖息区可分为浮游区和底栖区，也可按水深、透光层的范围或其他自然地理标准来划分

如滨海区，主要位于潮间带的地区；浅海区，位于潮下带的浅海陆棚区；半深海区大致位于大陆斜坡地带；深海区是深海盆地的部位；海沟区位于深海海沟地带

海生栖息区虽都位于海水水域的范畴，但由于海水在各个地区的物理和化学的性质不同，生物由于适应而产生的生态分异也比较明显

在海水水域除不同的深度外，还有水温的不同，并有暖水圈和冷水圈的存在，两个水圈的分界处称为斜温层

一般认为斜温层之下的冷水圈不仅海水温度低而且缺少氧气，因而有深水与浅水生物的不同

高纬度地区浅水底栖动物群有时显示低纬度深海动物群的特征，使得与深度有关的生物群间的差异变得不够明显

这与低纬度海拔高的植被与高纬度的植被有些类似是相同的

影响物种分布的因素很多，但主要是生物自身的内因和环境的外因

内因指生物适应能力、幼虫活动能力、生活周期的长短以及生物之间的生存竞争（包括捕食）等

外因如山脉、海洋、大陆边缘之间的距离、气候的差异、海水的物理化学特征等

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