DNA数据库EMBL

DNA数据库EMBL欧洲生物信息学研究所(European Bioinformatics Institute, EBI)创建的一个核酸序列数据库

EMBL的数据来源主要有两部分,一部分由科研人员或某些基因组测序机构通过计算机网络直接提交,另一部分则来自科技文献或专利(Stoesser等, 1998)

EMBL与DDBJ、GenBank建有合作关系,他们分别在全世界范围内收集核酸序列信息,每天都将新发现或更新过的数据相互交换

DNA数据库的规模正在以指数方式增长,平均不到9个月就增加一倍

1998年1月,EMBL中收录的序列数已超过一百万,包括15,500个物种,其中模式生物的序列占50%以上,它们包括人类(Homo sapiens), 线虫(Caenorhabditis elegans),啤酒酵母(Saccharomyces cerevisiae),小鼠(Mus musculus)和拟南芥(Arabidopsis thalania)

可以利用序列查询系统 SRS(Sequence Retrieval System)从EMBL数据库中提取有关信息(Etzold等,1996年)

SRS序列查询系统通过超文本链接将DNA序列数据库和蛋白质序列、功能位点、结构、基因图谱以及文献摘要MEDLINE等各种数据库联系在一起

利用EBI网站提供的BLAST或FastA程序,可以对EMBL数据库进行未知序列同源性搜索

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