北京中医药大学学术资源馆藏资源截至2018年8月，北京中医药大学图书馆馆藏纸质图书119.79万册（含过刊13.45万册），新增纸质图书5.37万册；包库电子图书117.08万册，本地电子图书51.85万册；中文纸质期刊558种，外文纸质期刊15种；中文全文电子期刊10846种，外文全文电子期刊2883种
“本校学位论文数据库”由图书馆自主开发建设，收录了学校1980年代至2018年6月的博士、硕士学位论文1.2万余篇
图书馆馆藏珍贵古籍包括明、清、民国、新中国时期（含日本、高丽）的木刻本、石印本、手钞本、影印本线装（含经折装）近4000种、3.9125万册，其中，明版33种，清版925种，医学古籍2600余种、近2万册
馆藏善本中已有8部中医古籍进入《第一、二、三批国家珍贵古籍名录》，此外，藏有国家图书馆出版的《中华再造善本丛书》正续编、上海古籍出版社出版的《四库全书》、《续修四库全书》、民国张元济主编原版《四部丛刊》（初、二、三编）、清光绪年间成都二仙庵木刻原版《重刊道藏辑要》、民国年间上海影印原版《影宋碛砂藏经》等大型丛书，卷帙完整、刊印清晰，内容涵盖经史子集，包罗儒道佛藏
学术期刊截至2022年3月，学校主办有《北京中医药大学学报》《现代中医临床》《中医教育》和《中医科学杂志》（英文）4本高水平学术期刊
《北京中医药大学学报》属中国科技核心期刊，中国中文核心期刊，中国国内6大检索系统10余种检索刊物的主要刊源，中国科学引文数据库首批收录的315种期刊之一，中国科学技术信息所统计和分析用期刊，国家科学技术委员会等联合开发的中国科学技术期刊文摘（CSTA）数据库首批刊源，分别美国化学文摘（CA）、国际药学文摘（IPA）、剑桥科学文摘（CSA）、乌利希国际期刊指南（Ulrich PD）、日本科学技术振兴机构中国文献数据库（JST）列为正式文摘刊源
2001年，成为国家新闻出版署推出的首批“中国期刊方阵”期刊
《中医教育》属于中国核心期刊（遴选）数据库收录期刊，中文生物医学期刊文献数据库统计源期刊，万方数据资源系统数字期刊，中国期刊网、中国学术期刊（光盘版）全文收录期刊
《现代中医临床》被收录为“中国科技核心期刊”（中国科技论文统计源期刊），被中文生物医学期刊文献数据库、中国生物医学期刊引文数据库、中国期刊全文数据库、中国学术期刊综合评价数据库、中国核心期刊（遴选）数据库、中国科技论文在线、中邮阅读网收录
《中医科学杂志》（英文）杂志是中医药领域的同行评审杂志，杂志主要收录原创研究类文章，内容覆盖中医、中药、针灸领域，包括各种基础和临床研究，以及综述、政策新闻和病例报告
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