中国科学院大学创新单元据2016年1月中科院官网显示，学校拥有国家实验室5个、国家重点实验室85个、中国科学院重点实验室211个、国家工程研究中心（实验室）41个
国家实验室：沈阳材料科学国家（联合）实验室、北京凝聚态物理国家实验室（筹）、合肥微尺度物质科学国家实验室（筹）、北京分子科学国家实验室（筹）、青岛海洋科学与技术国家实验室（筹） 、兰州重离子加速器国家实验室 国家重点实验室：中国科学院大学国家重点实验室催化基础国家重点实验室植物细胞与染色体工程国家重点实验室复杂系统智能控制与管理国家重点实验室分子反应动力学国家重点实验室农业虫害鼠害综合治理研究国家重点实验室理论物理国家重点实验室多相复杂系统国家重点实验室微生物资源前期开发国家重点实验室发光学及应用国家重点实验室稀土资源与利用国家重点实验室生化工程国家重点实验室核探测与核电子学国家重点实验室高温气体动力学国家重点实验室生命有机化学国家重点实验室新药研究国家重点实验室细胞生物学国家重点实验室煤转化国家重点实验室植物化学与西部植物资源持续利用国家重点实验室分子发育生物学国家重点实验室真菌学国家重点实验室羰基合成与选择氧化国家重点实验室植物基因组学国家重点实验室膜生物学国家重点实验室结构化学国家重点实验室脑与认知科学国家重点实验室神经科学国家重点实验室高分子物理与化学国家重点实验室病毒学国家重点实验室植被与环境变化国家重点实验室金属有机化学国家重点实验室模式识别国家重点实验室遗传资源与进化国家重点实验室电分析化学国家重点实验室应用光学国家重点实验室干细胞与生殖生物学国家重点实验室波谱与原子分子物理国家重点实验室集成光电子学国家重点实验室冰冻圈科学国家重点实验室声场声信息国家重点实验室传感技术联合国家重点实验室现代古生物学和地层学国家重点实验室半导体超晶格国家重点实验室信息安全国家重点实验室土壤与农业可持续发展国家重点实验室强场激光物理国家重点实验室机器人学国家重点实验室遥感科学国家重点实验室科学与工程计算国家重点实验室红外物理国家重点实验室环境化学与生态毒理学国家重点实验室非线性力学国家重点实验室微细加工光学技术国家重点实验室分子生物学国家重点实验室资源与环境信息系统国家重点实验室瞬态光学与光子技术国家重点实验室植物分子遗传国家重点实验室冻土工程国家重点实验室计算机科学国家重点实验室淡水生态与生物技术国家重点实验室矿床地球化学国家重点实验室高性能陶瓷和超微结构国家重点实验室城市与区域生态国家重点实验室岩石圈演化国家重点实验室信息功能材料国家重点实验室系统与进化植物学国家重点实验室有机地球化学国家重点实验室固体润滑国家重点实验室生物大分子国家重点实验室大气科学和地球流体力学数值模拟国家重点实验室火灾科学国家重点实验室热带海洋环境国家重点实验室湖泊与环境国家重点实验室岩土力学与工程国家重点实验室计算机体系结构国家重点实验室环境模拟与污染控制国家重点联合实验室同位素地球化学国家重点实验室森林与土壤生态国家重点实验室黄土高原土壤侵蚀与旱地农业国家重点实验室大地测量与地球动力学国家重点实验室环境地球化学国家重点实验室大气边界层物理和大气化学国家重点实验室荒漠与绿洲生态国家重点实验室黄土与第四纪地质国家重点实验室空间天气学重点实验室 --国家工程实验室：甲醇制烯烃国家工程实验室、中药标准化技术国家工程实验室、工业酶国家工程实验室、煤炭间接液化国家工程实验室、湿法冶金清洁生产技术国家工程实验室、遥感卫星应用国家工程实验室、信息内容安全技术国家工程实验室、真空技术装备国家工程实验室、碳纤维制备技术国家工程实验室、土壤养分管理国家工程实验室 国家工程研究中心：机器人技术国家工程研究中心、高档数控国家工程研究中心、精细石油化工中间体国家工程研究中心、膜技术国家工程研究中心、工程塑料国家工程研究中心、基础软件国家工程研究中心、信息安全共性技术国家工程研究中心、光电子器件国家工程研究中心、高性能均质合金国家工程研究中心、手性药物国家工程研究中心、燃料电池及氢源技术国家工程研究中心 国家工程技术研究中心：国家网络新媒体工程技术研究中心、国家生化工程技术研究中心、国家遥感应用工程技术研究中心、国家并行机工程技术研究中心、国家高性能计算机工程技术研究中心、国家专用集成电路设计工程技术研究中心、中国岩土工程研究中心、国家卫星定位系统工程技术研究中心、国家淡水渔业工程技术研究中心 、国家金属腐蚀控制工程技术研究中心、国家真空仪器装置工程技术研究中心、国家催化工程技术研究中心、国家光栅制造与应用工程技术研究中心 、国家节水灌溉工程技术研究中心、国家天然药物工程技术研究中心、国家光电子晶体材料工程研究中心、国家环境光学监测仪器中心 、国家荒漠-绿洲生态建设工程技术研究中心、国家半导体泵浦激光工程技术研究中心 、国家海洋腐蚀防护工程技术研究中心
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