皖南医学院学科建设截至2022年7月，学校有一级学科硕士点6个 、硕士专业学位类别6个，有国家临床重点专科1个，省重点学科2个，国家中医药管理局重点学科1个，省级重点专科、重点培育专科20个
临床医学学科进入ESI全球排名前1%，入选安徽省高峰学科
一级学科硕士点：临床医学、基础医学、生物学、药学、公共卫生与预防医学、马克思主义理论 二级学科硕士点：中西医结合基础、应用心理学专业硕士学位类别：临床医学、口腔医学、药学、公共卫生、护理、应用心理 国家中医药管理局重点学科：中医痹病学 省重点学科：病原生物学、生理学 省级优先发展重点专科：神经外科（一附院）省级临床重点专科：心血管内科（二附院）
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