南京中医药大学对外交流学校是世界卫生组织（WHO）传统医学合作中心、国际针灸培训中心，是教育部批准接收和培养外国留学生及台港澳地区学生的首批高等中医药院校之一，已经为五大洲培养留学生3万余名
1993年学校与澳大利亚皇家墨尔本理工大学(RMIT)合作开办中医学专业，首开中国与西方正规大学合作开展中医学历教育先河
2010年6月20日，习近平主席出席了学校与RMIT合作建立的中医孔子学院揭牌仪式并发表重要讲话，对学校办学水平给予高度评价
在教育部的支持下，2019年2月学校又与爱尔兰国立大学（高威）签约共建中医与再生医学孔子学院，该孔子学院的建立是贯彻落实习近平总书记“用开放包容的心态促进传统医学和现代医学更好融合”、推进中医药新时代海外发展的积极探索
学校已经与90多个国家和地区的高等院校或学术团体及机构有着广泛交流和合作，先后在大洋洲、欧洲、美洲建立了8个海外中医药中心
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