徐州医科大学院系设置截至2020年12月，学校设18个学院（部）、21所附属医院（直属附属医院3家，非直属附属医院18家）、15所临床学院，设置28个本科专业，涵盖医、理、工、管4个学科门类

 学院（系、部）名称本科专业及方向名称基础医学院（暨生物科学系）生物科学、生物技术临床医学系临床医学、临床医学（全科医学）口腔医学院口腔医学、口腔修复工艺学（口腔医学技术）医学影像学院（原医学影像学系）医学影像学、医学影像技术、假肢矫形工程、生物医学工程医学信息学院医学信息工程、物联网工程、生物信息学医学技术学院（原临床三系）医学检验技术、康复治疗学、眼视光学（暂停招生）公共卫生学院（原全科医学系）预防医学、食品卫生与营养学急救与救援医学系临床医学（急救与救援医学）麻醉学院（麻醉学系）麻醉学护理学院护理学药学院药学、药物制剂、临床药学管理学院公共事业管理、信息资源管理研究生学院、公共教育学院、社会科学部、体育部、华方学院、继续教育学院、国际教育学院 附属、临床医院类别医院名称基地名称直属附属医院徐州医科大学附属医院徐州医科大学附属医院徐州医科大学附属第三医院徐州医科大学附属第三医院徐州市口腔医院徐州医科大学附属口腔医院非直属附属医院徐州矿务集团总医院徐州医科大学第二附属医院中国人民解放军陆军第七十一集团军医院徐州医科大学附属淮海医院徐州市第一人民医院徐州医科大学附属徐州市立医院连云港市第一人民医院徐州医科大学附属连云港医院淮安市第二人民医院徐州医科大学附属淮安医院南京鼓楼医院集团宿迁市人民医院徐州医科大学附属宿迁医院连云港市市立东方医院徐州医科大学附属连云港东方医院徐州市妇幼保健院徐州医科大学附属徐州妇幼保健院徐州市儿童医院徐州医科大学附属徐州儿童医院徐州市东方人民医院徐州医科大学附属徐州东方医院徐州市传染病医院徐州医科大学附属徐州传染病医院徐州市康复医院徐州医科大学附属徐州康复医院沭阳县人民医院徐州医科大学附属沭阳医院邳州市人民医院徐州医科大学附属邳州医院临沂市人民医院徐州医科大学附属临沂医院滕州市中心人民医院徐州医科大学附属滕州医院淮北矿工总医院集团徐州医科大学附属淮北医院临床学院徐州市中心医院徐州医科大学徐州临床学院盐城市第一人民医院徐州医科大学盐城临床学院江阴市人民医院徐州医科大学江阴临床学院淮安市第一人民医院徐州医科大学淮安临床学院宿迁市第一人民医院徐州医科大学宿迁临床学院商丘市第一人民医院徐州医科大学商丘临床学院江苏省苏北人民医院徐州医科大学扬州临床学院连云港市第二人民医院徐州医科大学连云港临床学院江苏省淮安市妇幼保健院徐州医科大学淮安妇幼临床学院南京市第二医院徐州医科大学南京第二临床学院苏州市第九人民医院徐州医科大学苏州湾临床学院西藏自治区人民医院徐州医科大学西藏临床学院南京鼓楼医院徐州医科大学鼓楼临床学院常州市武进人民医院徐州医科大学武进临床学院淮北市人民医院徐州医科大学淮北临床学院 

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