南京医科大学学术资源截至2019年7月，学校主办有11种学术期刊

 南京医科大学学报南京医科大学学报（自然科学版）《南京医科大学学报（自然科学版）》创刊于1956年，月刊，ISSN1007-4368，CN32-1442/R，连续进入《中文核心期刊要目总览》第3、4、5、6版，为中国科学引文数据库（CSCD）来源期刊、中国科技论文统计源期刊（中国科技核心期刊），同时被美国《化学文摘》（CA）、美国《乌利希期刊指南》（Ulrich's Periodicals Directory ）、波兰《哥白尼索引》（IC）、《日本科学技术振兴机构中国文献数据库》（JSTChina）等著名检索工具收录

南京医科大学学报（社会科学版）创刊于2000年底，双月刊，ISSN1671-0479，CN32-1606/C，秉承为医疗卫生事业服务的办刊宗旨，本着学术无禁区，宣传有纪律的原则，刊登与医疗卫生事业相关的社科类学术论文，如卫生服务、社会医学、生命伦理、健康管理、医学教育等领域，结合地域历史和文化特色以及当前社会关注的热点问题设立重点栏目为卫生服务、金陵医史和医患沟通，为全国各级医药类高等院校师生及全国各级各类医疗机构的医务人员提供学术交流的平台

Journal of Biomedical Research前身为Journal of Nanjing Medical University（南京医科大学学报-英文版），创刊于1987年，2010年改刊名为此，双月刊，ISSN1674-8301，CN32-1810/R

 图书馆藏根据2015年1月学校图书馆官网显示，馆藏书刊以基础医学、临床医学、口腔医学、预防医学、药学、生物学为收藏重点，同时收藏化学、数学、物理学、计算机、管理学、社会科学及文艺类书刊等

图书馆拥有纸质文献95万余册，数据库62个，中、外文电子图书156万余册，中、外文全文电子期刊约 38000余种

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