济宁医学院科研平台截至2021年11月，学校有博士后科研工作站1个，有国家级科研平台1个，省级科研平台10个，省级院士工作站1个，省级青年创新团队5个，省级培育科研创新团队18个

 博士后科研工作站：济宁医学院附属医院博士后科研工作站 国家级科研平台：国家基因检测技术应用示范中心 国家级重点实验室分中心：转化医学与创新药物国家重点实验室济宁分中心 省级重点实验室：山东省出生缺陷研究与转化协同创新中心、山东省精神疾病诊治与行为干预协同创新中心、神经生物学实验室、行为医学实验室、肿瘤精准医学实验室、干细胞与神经肿瘤学实验室、精神医学实验室  省级科研机构：医学人文素质教育研究基地、山东省神经生物学研究所  省级院士工作站：山东省贺林院士新医学临床转化工作站 省级科研创新团队：精准医学-干细胞治疗创新团队、认知环境脑和基因对创造性的交互影响研究创新团队、阿尔茨海默病研究创新团队、医用纳米功能材料合成及转化创新团队、肿瘤精准诊疗新技术研发团队 省级培育科研创新团队：肠道炎癌转化的免疫生物学研究创新团队、晚期食管癌治疗科研创新团队、心肌梗死分子机制及干预研究团队、法医病理科研创新团队、遗传心脏病学科研创新团队、生长发育疾病科研创新团队、系统性红斑狼疮基因组学研究创新团队、阿尔茨海默病科研创新团队、吉兰巴雷综合症科研创新团队、退行性骨与关节疾病科研创新团队、胶质瘤科研创新团队、振动病研究科研创新团队、中西医结合治疗脾胃病科研创新团队、智能化药物递送系统科研创新团队、医学人文教育科研创新团队、心理咨询与治疗研究与转化科研创新团队、抑郁症防治科研创新团队、健康大数据科研创新团队、肝肿瘤的诊疗一体化研究科研创新团队 

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