上海交通大学医学院科研平台截至2018年12月底，学院拥有1个国家重大科技基础设施（转化医学国家重大科技基础设施（上海）项目），2个国家重点实验室，1个国家工程研究中心，3个教育部重点实验室，1个教育部工程研究中心，4个国家卫生健康委员会重点实验室，24个上海市重点实验室和5个上海市工程中心

上海高校知识服务平台——转化医学协同创新中心初步实现了产学研良性互动及转化平台的建设目标，2014年挂牌为上海市协同创新中心进行建设

2015年与中国科学院神经科学研究所共同建设“脑疾病临床研究中心”，探索性实践院所同城协同、联合攻关的科研组织新模式

学院拥有3个国家临床医学研究中心，1个国家儿童医学中心（共建），拥有上海市临床医学中心12个，上海市“重中之重”临床医学中心16个

 科研机构实验室类别实验室名称国家重点实验室医学基因组学国家重点实验室癌基因及相关基因国家重点实验室国家工程研究中心组织工程国家工程研究中心教育部重点实验室系统生物医学教育部重点实验室细胞分化与凋亡教育部重点实验室环境与儿童健康教育部重点实验室教育部工程研究中心教育部数字医学工程研究中心卫生部重点实验室卫生部医学胚胎分子生物学重点实验室卫生部内分泌代谢病重点实验室卫生部内科消化重点实验室卫生部人类基因组研究重点实验室上海市重点实验室上海市胃肿瘤重点实验室上海市骨科内植物重点实验室上海市糖尿病重点实验室上海市胰腺疾病重点实验室上海市内分泌肿瘤重点实验室上海市口腔医学重点实验室上海市血管生物学重点实验室上海市眼底病重点实验室上海市组织工程研究重点实验室上海市中西医结合防治骨与关节病重点实验室上海市生殖医学重点实验室上海市妇科肿瘤重点实验室上海市人类基因组研究重点实验室上海市骨科内植物重点实验室上海市胚胎与生殖工程重点实验室上海市肿瘤微环境与炎症重点实验室上海市高血压重点实验室上海市小儿消化与营养重点实验室上海市环境与儿童健康重点实验室上海高校E-研究院上海高校模式生物E-研究院上海高校内分泌与代谢病学E-研究院上海高校化学生物学E-研究院（表格内容资料来源：2015年3月上海交通大学医学院科技发展处官网） 

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