江苏省高邮中等专业学校院系专业实施“二级管理”，设有对口单独招生简称对口单招的综合中专，以数控专业、汽修专业为主的机电工程系，以会计专业、计算机专业为主的商贸信息系，现有机电、计算机、电子、会计、建筑五个省级品牌专业，有数控、计算机、会计（待评）省现代化专业群，共开设十八个专业

其中，开设有机电一体化技术、计算机应用技术、建筑工程管理、幼儿发展与健康管理四个五年制高职专科专业

学校适应地方经济社会发展及人才培养的需要，科学、合理设置专业，建立了完善的专业建设调研论证制度，成立专业建设指导委员会，了解高邮经济发展和市场人才需求状况，及时跟踪江苏省支柱产业、扬州市重点产业、新兴产业需求的变化，建立专业动态调整机制

学校以原有5个省级品牌专业建设为龙头，带动其他专业的建设

本年度学校申报成功计算机应用专业群、同时会计专业群纳入今后两年的重点规划和建设

学校共开设23个专业（含专业方向）

其中，五年制高职专业4个，三年制专业15个，“3+3”专业4个

2019年，学校新增了幼儿发展与健康管理五年制高职专业，同时又新申报了护理、会计2个专业

在3+3培养模式上，又新增了常州工程职业技术学院、扬州工业职业技术学院两所合作高校2个专业

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