哥廷根大学研究所在这些院系中设有170多个研究所，系主任都是学术委员会成员
另外，哥廷根设有4个马克斯·普朗克研究所，与哥廷根大学进行学科上的合作，使哥廷根保持着科学研究上的领先地位
分别为：马克斯·普朗克族群与宗教多样性研究所[原历史研究所]马克斯·普朗克生物物理化学研究所马克斯·普朗克实验医学研究所马克斯·普朗克动力学研究所哥廷根大学和中国南京大学合办有中德法学研究所
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