中国科学院微生物研究所学术刊物中国科学院微生物研究所主办的学术刊物有4种，分别是《微生物学报》、《生物工程学报》、《菌物学报》、《微生物学通报》
《微生物学报》《微生物学报》是基础性、高科技学术刊物，是以微生物学基础研究和应用基础研究以及高技术创新为主的综合性学术刊物，反映微生物学研究领域中最新成果，促进国内外学术交流
《微生物学报》是中国微生物学领域综合性学报级期刊和中国自然科学核心期刊
被国内外一些著名的文摘刊物和数据库收录，是中国最早被世界最大医学文献数据库“MEDLARS”作为医学主题词标引的五个中文期刊之一，发行和交换到40多个国家和地区
《生物工程学报》《生物工程学报》（月刊）是由中国科学院微生物研究所和中国微生物学会主办的, 国内外公开发行的学术期刊
主要报道动物、植物、微生物以及医学等生物工程相关领域的新发展、新成果和新技术
栏目包括：综述、动物及兽医生物技术、海洋生物技术、环境生物技术、工业生物技术、农业生物技术、食品生物技术、系统生物技术、医学与免疫生物技术、组织工程与细胞培养、生物技术与方法、科学进展/名家论坛等
期刊影响因子、显示度等一直列国内生物类期刊前列
《菌物学报》《菌物学报》（英文刊名Mycosystema）的前身为《真菌学报》，1982年创刊，由中国菌物学会主办，是中国菌物学（真菌、粘菌、卵菌）领域的专门学术期刊，报道该领域的最新研究进展和具创造性或较高学术水平的论文和简报
该刊是国际菌物学界信赖的刊物之一，也是中国自然科学核心期刊
已被国际国内著名重要数据库和检索期刊收录，促进了国内外学术交流，主要包括Index Copernicus；CA （美国“化学文摘”）； Abstracts of Mycology （美国“菌物学文摘”）；Index of Fungi (英国“菌物索引”)；Review of Plant Pathology（英国“植物病理学文摘”）；Bibliography of Systematic Mycology（英国“系统菌物学文献目录”）；Bibliographie der Pflanzenschutz literature（德国“植物保护文献目录”）；中国科技信息研究所数据库（CJCR）；中科院文献情报中心《中国科学引文数据库》（CSCI）；《中国学术期刊文摘》；《中国农业文摘》；《中国生物学文摘》；北京大学图书馆《中文核心期刊要目总览》
《微生物学通报》《微生物学通报》1974年创刊，是中国微生物学会和中国科学院微生物研究所主办， 国内外公开发行，以微生物学应用基础研究及高新技术创新、应用为主的综合性学术期刊
刊登内容包括：基础微生物学研究；农业微生物学研究；工业微生物学研究；医学微生物学研究；食品微生物学研究；环境微生物学研究；微生物功能基因组研究；微生物蛋白组学研究；微生物模式菌株研究；微生物工程与药物研究；微生物技术成果产业化及微生物教学研究改革等
该刊为中国生物科学类核心期刊
曾获国家级优秀科技期刊三等奖，中国科学院优秀科技期刊三等奖，北京优秀科技期刊奖，2000年再获中国科学院优秀期刊三等奖，2001年被选入新闻出版署设立的“中国期刊方阵”并被列为“双效”期刊
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