中国科学院水生生物研究所学科建设截至2017年6月，中国科学院水生生物研究所设有2个博士后科研流动站，4个二级学科博士学位授权点，6个二级学科硕士学位点，2个硕士专业学位授权点；具有招收、培养港、澳、台和国外研究生资格
博士后科研流动站：生物学、环境科学与工程二级学科博士学位授权点：水生生物学、遗传学、环境科学、海洋生物学（与汕头大学联合）二级学科硕士学位授权点：动物学、水生生物学、遗传学、环境科学、环境工程、水产养殖硕士专业学位授权点：工程硕士（生物工程领域）、工程硕士（环境工程领域）
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