中国科学院计算技术研究所科研部门根据2015年12月研究所官网显示，研究所有计算机系统研究部、网络研究部、智能信息处理研究部3个研究部，下设16个研究机构，有国家重点实验室1个，国家研究中心2个，中国科学院重点实验室2个，15个分所与分部

  国家重点实验室：计算机系统结构国家重点实验室国家研究中心：国家并行计算机工程技术研究中心、国家高性能计算机工程技术研究中心 中国科学院重点实验室：中国科学院智能信息处理重点实验室、中国科学院网络数据科学与技术重点实验室 北京市重点实验室：移动计算与新型终端北京市重点实验室 计算技术研究所研究中心：微处理器研究中心、高性能计算机研究中心、先进计算机系统研究中心、数据存储技术研究中心、计算机应用研究中心、网络技术研究中心、无线通信技术研究中心、专项技术研究中心、普适计算研究中心、前瞻研究实验室 中国科学院计算技术研究所分所与分部
分部名称建立时间苏州分部（苏州中科集成电路设计中心）2003年8月上海分部（上海中科计算技术研究所）2003年肇庆分部（肇庆软件国际化中心）2004年3月宁波分所（宁波中国科学院信息技术应用研究院）2012年4月东莞分部（广东电子工业研究院）2005年台州分部2004年10月秦皇岛分部-顺德分所（广东华南计算技术研究所）2013年临沂分所-烟台分所2011年10月德清分所-浙江分所（萧山工业研究院）2011年8月太仓分所（太仓中科信息技术研究院）2012年5月济宁分所（山东省物联网技术发展研究院）2012年9月福州分所（福州（闽侯）中科数据应用技术研究院）2014年12月 

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