中国科学院生态环境研究中心科研部门根据2021年8月官网显示，中国科学院生态环境研究中心有3个国家重点实验室、1个国家工程实验室、2个中国科学院重点实验室、5个所级实验室及若干支撑服务系统平台；其中二恶英实验室为国家实验室认可和计量认证实验室、水质分析实验室为计量认证实验室
生态环境中心是农业部批准的农药登记残留试验认证单位之一
国家重点实验室（3个）：环境化学与生态毒理学国家重点实验室、环境水质学国家重点实验室（环境模拟与污染控制国家重点联合实验室）、城市与区域生态国家重点实验室中国科学院重点实验室（2个）：中国科学院环境生物技术重点实验室、中国科学院饮用水科学与技术重点实验室所级实验室（5个）：大气环境与污染控制实验室、环境纳米技术与健康效应重点实验室、水污染控制实验室、土壤环境科学与技术实验室、固体废弃物处理与资源化实验室等5个所级实验室
支撑服务系统平台（5个）：文献信息中心（下设7个期刊部）、大型分析仪器实验室、二恶英实验室、水质分析实验室和北京城市生态系统研究站
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